學校通知學生在校園裏增加了安全措施，鄧布利多的解釋是要保護學生和學校不受狂暴的食死徒威脅。然而，這些年輕小魔法師們將會發現，沒有任何神奇靈藥能夠幫助他們控製蠢蠢欲動的青春躁動及錯綜複雜的愛情糾葛，包括暗戀、單相思、爭風吃醋、橫刀奪愛等麻瓜世界青少年會出現的青春期戀情，如今在魔法世界中也同樣上演。

　　哈利對金妮·韋斯萊產生感覺，但金妮卻跟迪安·托馬斯正在交往，何況她老哥是羅恩。另一方麵，愛上拉文德·布朗的羅恩也自顧不暇，使得暗戀他的赫敏在一旁很不是滋味，於是一氣之下決定跟寇馬約會，即使她根本受不了他，因為她隻是希望羅恩會吃醋。這次，歡迎大家來到年輕人的正常愛情世界。

　　在青春萌動的背後，令人聞之喪膽的伏地魔及食死徒再度回來肆虐，並同時向麻瓜世界和魔法世界伸出魔爪，霍格沃茲魔法學校不再是安全的避風港。哈利懷疑連霍格沃茲的城堡內都危機四伏，鄧布利多則全力替哈利將來的迎戰做準備，因為他明白最後之戰即將來臨。

　　鄧布利多需要哈利幫他找到一個關鍵的信息，以便找出伏地魔的七個魂器。唯有找出魂器，才有可能徹底瓦解伏地魔與他的黑暗勢力。但這個關鍵的記憶就深埋在前霍格沃茲魔藥學教授霍拉斯·斯拉格霍恩的腦海裏。為此，鄧布利多隻好以高薪、大辦公室等優厚條件利誘他的老友兼昔日同事重回教學崗位，讓哈利有機會求教於他。

　　魯弗斯·斯克林傑接替康奈利·福吉成為了魔法部的部長。原因是魔法世界中的人們認為康奈利·福吉對於早些時候伏地魔對魔法世界發動的襲擊處理不當。

　　西弗勒斯·斯內普施放了牢不可破的誓言，他向德拉科·馬爾福的媽媽保證，他會在德拉科·馬爾福的第一個食死徒任務中進行保護和幫助。

　　哈利·波特和阿不思·鄧布利多成功說服了霍拉斯·斯拉格霍恩重返學校，擔任魔藥課教師，而西弗勒斯·斯內普教授則如願以償，成為了黑魔法防禦課老師。在一節哈利·波特忘帶課本的魔藥課上，霍拉斯·斯拉格霍恩借給了哈利一本舊的魔藥課課本。哈利發現，這本舊課本上麵簽著“混血王子”這個名字，此外這本書上還有很多筆記。而哈利靠著這些筆記取得了甚至比赫敏·格蘭傑還要優秀得魔藥課成績。

　　而另一方麵，哈利的情感也日漸成熟，在心底對金妮的迷戀越發強烈;赫敏和羅恩的感情也出現了摩擦：羅恩挽著拉文德的手走來走去，赫敏獨自吃醋……

　　哈利·波特與混血王子電影海報 鄧布利多用他的冥想盆向哈利展示了一些伏地魔過去的情況，並且認定伏地魔在過去曾經把自己的靈魂分成七份，並且將其中的六份藏入了魂器(一些可以永世長存的魔法物品)中。其實，伏地魔的兩個魂器已經被摧毀了，其中一個是被哈利·波特毀掉的湯姆·裏德爾的日記[HP2]，另一個是由鄧布利多毀掉的馬沃羅·岡特的戒指。鄧布利多相信想要殺死伏地魔，另外四個魂器也需要毀掉。所以，他和哈利前去取回薩拉查·斯萊特林的掛墜盒。鄧布利多因為喝掉了保護掛墜盒的藥劑而變得非常虛弱。

　　他們兩個返回後發現黑魔標記出現在霍格沃茨魔法學校，這表示食死徒來到了霍格沃茨魔法學校並與教職員和學生發生了戰鬥。鄧布利多釋放咒語令藏在隱形衣下的哈利僵住。這之後，哈利便在別人看不到他的情況下目睹了一係列大事：德拉科·馬爾福到來並且表示是他用魔法櫥櫃把食死徒帶進了學校。後來更多的食死徒趕到現場，催促德拉科·馬爾福完成任務。但是，德拉科·馬爾福麵對鄧布利多顯得十分猶豫。此時，西弗勒斯·斯內普來了，他用“阿瓦達索命”這句咒語殺了鄧布利多，履行了他和德拉科·馬爾福的媽媽的誓言。後來，哈利一路追擊西弗勒斯·斯內普(同時說出自己就是“混血王子”，並早已發現哈利得到了自己以前的這本魔藥書)和德拉科·馬爾福，但是他們仍然逃出了霍格沃茨魔法學校。

　　麥格教授成為了霍格沃茨魔法學校的臨時校長，但是學校很可能將會因為不安全而被關閉。哈利發現他和鄧布利多辛苦得到的斯萊特林小金匣是假的，真的掛墜盒被一個署名為R.A.B.的神秘人物取走。在鄧布利多的葬禮結束之後，哈利決定無論怎樣他都不回學校繼續學習，而是去投身於毀掉伏地魔的所有魂器，並且立誌最終敏及羅恩也表示他們會跟哈利一起執行這使命